活性炭床长期运行中，在果壳活性炭颗粒表面有生物粘液产生，会将果壳活性炭颗粒粘结，如果对活性炭床出水进行检验，也会发现细菌数增多，这些都是由于果壳活性炭长期运行中富集了大量的有机物质，为微生物提供极为良好的食源和繁殖场所，从另一个角度来说，微生物的存在有利于果壳活性炭上吸附的有机物分解。 生物再生法就是在运行的果壳活性炭上培养和驯化菌种，在微生物的作用下，消耗其吸附的有机物质，恢复果壳活性炭的吸附能力。 对失效的果壳活性炭使用厌氧方法进行再生，实验表明再生后的果壳活性炭吸附能力有一定提高，还有对运行中果壳活性炭床每隔一段时间进行一次生物再生，再生时补充一定的氮、磷等营养元素，并加大供氧促进好气菌的繁殖，可使运行的果壳活性炭恢复一定的吸附能力，延长果壳活性炭的使用寿命。还有人将失效的果壳活性炭加到有活性污泥的曝气池中，利用活性污泥进行生物再生。